「倉庫に後から入荷」の設定によって違います。
「倉庫に後から入荷」をOFFに設定している場合
入荷完了時に、入荷数だけ自動的に在庫数が増えます。
「倉庫に後から入荷」をONに設定している場合
入荷完了時に、在庫数は増えません。
なぜなら「倉庫に後から入荷」は入荷完了する前に注文を受付けるための設定ですので、ショップオーナーが事前に在庫数(何個分の注文を受付けるか)を1以上に設定している事が通常の使われ方だからです。
もし入荷時に自動で在庫数を反映したい場合には「倉庫に後から入荷」をOFFに設定することをおすすめします。